Durante su larga historia ha sufrido terremotos y saqueos de todo tipo. En la Batalla de Palo Hincado, contra los franceses, se inició su destrucción. Los defensores de la ciudad emplazaron una pieza de artillería sobre el techo en 1805. En 1809 se cortó la bóveda, colocando en su lugar una plataforma de madera con un cañón. Dicha estructura cayó al segundo disparo y se llevó consigo todo el techo.
En 1831, durante la dominación de los haitianos, se expoliaron piedras y detalles arquitectónicos. Durante el paso del ciclón San Zenón en 1930, se destruyó gran parte del edificio o de lo que quedaba de él. Actualmente, las ruinas del Monasterio de San Francisco son utilizadas para eventos sociales y culturales.
En la actualidad no se puede visitar por dentro pero sí se puede ver por fuera. Hay diversos puntos junto a la construcción desde donde se pueden ver los restos.